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1958年在臺復校時,由盧善棟、吳伯楨兩位學長共同設計的校旗,圖案與上海交大基本上是相同的。藍底黃圖,上面印有由右至左白色楷體的「國立交通大學」校名,校徽齒輪為二十四齒,三條黃色平行直線代表滬、平、唐三所交大彼此血脈相通之意(當時大陸尚未有西安交大)。

現行校旗採原設計理念,改為現行校徽,三條黃紋則代表新竹與北方、唐山三所交大的深厚淵源。